Segue abaixo uma boa lista de ferramentas e abordagens para concatenar e “minimizar” arquivos CSS e JavaScript para quem programa com PHP e Ruby
PHP
Minify: Minify combina múltiplos CSS ou arquivos JavaScript, remove espaços desnecessários e comentários, além de compactar com codificação gzip.
Combine: Script PHP combinado com a reescrita de URL para concatenar e comprimir arquivos CSS e JavaScript.
SmartOptimizer: Uma biblioteca PHP que melhora o desempenho do seu site otimizando o front-end usando técnicas como minifying, compressão, caching, concatenação e incorporação. Todo o trabalho é feito on the fly on demand.
CSSTidy: Compactação de arquivos CSS. Não há suporte para arquivos JavaScript.
JSMin +:Baseado em PHP, analisa o JavaScript. Não há suporte para arquivos CSS.
Ruby
Sprockets: biblioteca para Ruby que pre processa e concatena arquivos JavaScript.
Juicer: Comprime CSS e JavaScript, além de oferecer suporte a dados URI-embedding de imagens em arquivos CSS.
Jammit: fornece tanto concatenação e compressão para arquivos CSS como JavaScript, bem como YUI Compressor, além de outras funcionalidades;
AssetPackager: Mescla e comprime arquivos JavaScript e CSS quando executados.
Via: Robert Nyman